Coordenação: Tânia Sanaiotti, bióloga, doutora em ciências biológicas e pesquisadora do Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia.
Missão/objetivo: Executar ações de pesquisa, monitoramento e manejo para a conservação da harpia e outras águias na Amazônia, Mata Atlântica e ecótonos associados. Buscas e mapeamento de ninhos, monitoramento de indivíduos por telemetria e estudos ecológicos, comportamentais, genéticos de populações e ameaças. Orientação na capacitação de pessoal em nível técnico, graduação e pós-graduação para atuar na conservação das espécies.
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O Programa In Situ está estruturado em dois grupos e nove núcleos principais:
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Amazônia
Núcleo Acre
Núcleo Amazonas
Núcleo Araguaia
Núcleo Carajás
Núcleo Tapajós
Núcleo Trombetas
Núcleo Xingu
Núcleo Rondônia
Núcleo Roraima
Núcleo Tocantins
Núcleo Amapá
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Cerrado
Núcleo Mato Grosso do Sul
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Mata Atlântica
Núcleo Bahia
Núcleo Bodoquena
Núcleo Espírito Santo
Núcleo Turvo-Foz do Iguaçu